Tuy nhiên, điều này không giúp chấm dứt tranh chấp, và theo lời xúi giục của Thôi Chiêu Vĩ, ba tiết độ sứ ủng hộ Vương Củng: Lý Mậu Trinh, Vương Hành Du và Hàn Kiến cùng tiến quân về Trường An, giết chết Lý Hề và Vi Chiêu Độ, buộc Đường Chiêu Tông phải chấp thuận yêu cầu của họ; đáp lại, nhạc phụ của Vương Kha là Lý Khắc Dụng suất quân tiến đánh. Đường Chiêu Tông lo sợ bị Mậu Trinh hay Hành Du bắt nên chạy trốn đến Tần Lĩnh.[9] Thôi Dận cùng tể tướng Từ Ngạn Nhược và Vương Đoàn tháp tùng Hoàng đế.[6] Sau khi Lý Khắc Dụng đánh bại Vương Hành Du, Đường Chiêu Tông trở về Trường An, Thôi Dận lại trở thành Đồng bình chương sự, ngoài ra còn giữ chức Trung thư thị lang; tuy nhiên đồng minh Thôi Chiêu Vĩ của ông bị đày ải rồi bị hành quyết.[9]

Năm 896, Lý Mậu Trinh lại tiến công Trường An, Đường Chiêu Tông và các quan lại triều đình chạy đến Hoa châu nương nhờ Hàn Kiến. Tuy nhiên, tại Hoa châu, Hàn Kiến khống chế triều đình. Do Hàn Kiến đề xuất, Hoàng đế quyết định cho Thôi Dận đi giữ chức Vũ An[chú 5] tiết độ sứ, vẫn được giữ chức Đồng bình chương sự như một chức vụ danh dự, thay thế chức tể tướng của Thôi Dận là Lục Ỷ.[9]